System księgowy (aplikacja, oprogramowanie księgowe) – oprogramowanie użytkowe typu biznesowego do operacji księgowych, które rejestruje i przetwarza transakcje rachunkowości w ramach modułów (części systemu), takich jak: rachunki do zapłaty, należności, płace, obroty i salda. Systemy przeznaczone są dla samodzielnych księgowych, małych i średnich przedsiębiorstw, biur rachunkowych, itp. Najbardziej skomplikowane oprogramowania księgowości bywają częścią rozległego pakietu oprogramowania określanego jako planowanie zasobów przedsiębiorstwa (systemy klasy ERP, przykładowo otwarty system ERP5). Prawo do korzystania z systemu zwykle kupuje się jako licencję oprogramowania. Jeśli kupujący tego potrzebuje w gotowej aplikacji, dokonuje się lokalnych zmian. Cena systemu (aplikacji) zależy od złożoności i kosztów realizacji oprogramowania oraz wdrożenia w firmie. Wielu dostawców zaprzestało sprzedawania lub licencje są kupowane przez większe grupy. Na polskim rynku dostępna jest bezpłatna księgowość online oraz darmowe aplikacje księgowe dla małych i średnich firm.
Moduły Oprogramowanie księgowe zazwyczaj składa się z różnych modułów i sekcji.