Egzekucja Pod wpływem nacisków Maksymiliana Robespierre’a Cloots został wykluczony z klubu jakobinów. Wielu rewolucjonistów wciąż postrzegało go jako cudzoziemca. Gdy Komitet Ocalenia Publicznego, pod przywództwem Robespierre’a, skierował oskarżenia przeciw hebertystom, Cloots został wplątany w sprawę zagranicznego spisku, o udział w którym oskarżono hebertystów. Pomimo braku dowodów winy, Cloots został skazany na karę śmierci, którą wykonano w 24 marca 1794 rokuSiegfried Weichlein, „Cosmopolitanism, Patriotism, Nationalism,” Unity and Diversity in European Culture C. 1800, ed. Tim Blanning and Hagen Schulze (New York: Oxford University Press, 2006), 97.. W dniu egzekucji trafił na gilotynę wraz z  Vincentem, Ronsinem, Momoro oraz resztą przywódców stronnictwa hebertystów. Działo się to na oczach najliczniejszego tłumu, jaki kiedykolwiek zgromadził się na publicznej egzekucjiDoyle, 1989; p. 270.