Był powoływany na pełnomocnika prawnego do badania przyczyn zgonów przez władze państwowe, organizacje praw człowieka i podmioty prywatne w wielu krajach (m.in. w Zimbabwe, na Filipinach i w Izraelu na Zachodnim Brzegu i w Strefie Gazy). W 2012 pełnomocnik prawny rodziny Walentynowicz, Stefan Hambura, złożył wniosek o udział Michaela Badena w ekshumacji i przeprowadzeniu sekcji zwłok Anny Walentynowicz, jednej z 96 ofiar katastrofy polskiego Tu-154 w Smoleńsku 10 kwietnia 2010, jednak wskutek odmownej decyzji wojskowej prokuratury okręgowej nie został dopuszczony do tych czynności; analogicznie prokuratura odmówiła także udziału Michaela Badena w sekcjach zwłok innych ofiar tego zdarzenia, Przemysława Gosiewskiego i Janusza Kurtyki (jak przyznał Michael Baden, była to pierwsza udzielona mu odmowa udziału w badaniach w całej jego ponad 40-letniej karierze). 23 marca 2012 udzielił opinii jako gość specjalny na posiedzeniu zespołu Parlamentarnego ds. Zbadania Przyczyn Katastrofy Tu-154M z 10 kwietnia 2010 roku. W 2016 został ekspertem Podkomisji ds. Ponownego Zbadania Wypadku Lotniczego pod Smoleńskiem, powołanej przez ministra obrony narodowej Antoniego Macierewicza przy Komisji Badania Wypadków Lotniczych Lotnictwa Państwowego.