W 1942 został mianowany zastępcą dowódcy Grupy Do Zadań Specjalnych (G.Z.S.) NSZ skoszarowanej w Smogorzowie. . Pełnił funkcje instruktora V Okręgu Wojskowego NSZ. Zakładał liczne placówki na Kielecczyźnie i Lubelszczyźnie, inwentaryzował broń i ekwipunek, zbierał informacje mające znaczenie społeczne, polityczne i gospodarcze, szczególnie dotyczące działalności PPR oraz Gwardii-Armii Ludowej.
15 czerwca 1944 sformowany został 204 pp. Ziemi Kieleckiej. W jego skład wszedł oddział por. Stanisława Grabdy. Stał on się on 4 kompanią tego pułku. Pod koniec miesiąca 204 pp. stoczył walkę z oddziałami AL Stefana Szymańskiego „Osy” i Wacława Młynka „Wrzosa” wspieranymi przez sowietów. , ale również oddziałami Armii Ludowej i Batalionów Chłopskich (oddział Józefa Maślanki).
11 sierpnia 1944 204 pp. Ziemi Kieleckiej dotarł do Lasocina, gdzie wraz z 202 pp. Ziemi Sandomierskiej sformował Brygadę Świętokrzyską NSZ, której dowódcą mianowano płk. Antoniego Szackiego ps. „Bohun”. Stanisław Grabda został dowódcą 1 kompanii w ramach 1 batalionu 204 pp. Na skutek konfliktu z dowództwem Brygady, którego podłożem była jej współpraca z Niemcami w nocy z 28 na 29 listopada opuścił Brygadę wraz ze swoją kompanią i włączył ją w skład Batalionu Szturmowego „Tobruk” 106 Dywizji Ziemi Miechowskiej AK.