Jacques-René Hébert oskarżał Duquesnoya o sabotowanie działań wojennych generała Jourdana i nadużywanie własnego stanowiska w celu umieszczenia własnego brata na czele armii (nepotyzm). Duquesnoy został wzięty w obronę przez Robespierre'a i nie miał problemów z udowodnieniem swojej niewinności.
Według komisarza Nicolasa Hentza, Duquesnoy podczas swojej misji w departamencie Nord, a później także w Mozeli zapomniał o etosie reprezentanta Konwentu i zachowywał się bardzo despotycznie. Odwołany do Paryża w dniu 10 sierpnia 1794 roku, Duquesnoy doprowadził do wykluczenia Talliena z klubu jakobinów oraz przyczynił się do triumfu Carnota nad Guffroyem. Guffroy wniósł skargę do Komitetu Bezpieczeństwa Powszechnego, wskutek czego Duquesnoy został oskarżony o udział w kierowaniu rewoltą z prairiala roku III (20 maja 1795 według kalendarza gregoriańskiego) przeciwko termidoriańskiemu Konwentowi. Proces zakończył się dla niego wyrokiem śmierci pomimo zeznań jego przyjaciół. Przed egzekucją Duquesnoy popełnił samobójstwo poprzez postrzał z pistoletu w łaźni dla skazańców.