Od 2003 koszulka z numerem 17 została przez władze klubu honorowo zastrzeżona dla Marca-Vivien Foe, lecz w czerwcu 2008 roku koszulka z tym numerem została przydzielona innemu piłkarzowi z Kamerunu, Jeanowi II Makounowi.
W 2007 roku Olympique Lyon osiągnął triumf w Pucharze Pokoju.
Olympique Lyon na scenie europejskiej najwyżej zaszedł do półfinału Ligi Mistrzów (2 razy) w 2010, kiedy trenerem w owym czasie był Claude Puel i w 2020 Rudi Garcia, gdzie w obydwu półfinałach OL zostało wyeliminowane przez niemiecki klub Bayern Monachium.
W 2022 roku w letnim okienku transferowym prezydent OL Jean Michel-Aulas ściągnął za darmo do klubu dwóch swoich wychowanków: Alexandre'a Lacazette'a (z umową do 30 czerwca 2025) i Corentin Tolisso (z umową do 30 czerwca 2027). mały|Alexandre Lacazette (2019) – najlepszy strzelec w historii OL.
W grudniu 2022 roku ok. 80 proc. udziałów w Olympique wykupił amerykański miliarder John Textor. Cała transakcja była warta ok. 800 milionów euro
4 maja 2023 roku po niecałych 36 latach zarządzania Lyonem, Jean-Michel Aulas przestał pełnić funkcję prezesa francuskiego klubu. Olympique Lyon w ciągu prezydentury Jean-Michel Aulasa zdobył najwięcej pucharów od początku istnienia klubu, czyli od 1899 roku, w tym wszystkie najważniejsze puchary na krajowym podwórku.