Drugim ważnym kierunkiem działalności Bujalskiego, mocno związanym z kartografią i tektoniką, była geologia naftowa. W celu rozpoznania wgłębnego potencjalnie roponośnych struktur fałdowych Bujalski projektował i nadzorował wiele wierceń w rejonie Bitkowa, Borysławia, Schodnicy i Starego Sambora. Prace poszukiwawcze i rozpoznawcze prowadził na obszarach naftowych Gorlic i Sanoka i w innych rejonach. W 1928 odkrył złoże gazu ziemnego w Strachocinie. Po wojnie okazało się ono jednym z największych złóż gazu w polskich Karpatach. Łącznie wyznaczył ponad 200 otworów wiertniczych, opracował kilkanaście ekspertyz geologicznych, stworzył jedno z największych archiwów materiałów wiertniczych, profilów wierceń, map topograficznych i geologicznych, zestawień produkcji w przemyśle naftowym itp., z których wiele zaginęło podczas wojny.
Uczestniczył w przygotowaniu międzynarodowego I Zjazdu Asocjacji Karpackiej we wrześniu 1925 w Karpatach Wschodnich i był jednym z geologów prezentujących na nim tematykę geologiczną i złożową.