Aktywność polityczna i społeczna W Kłecku niemal natychmiast w pierwszych dniach swojego powojennego pobytu zaangażował się w działalność społeczną i samorządową. Został wybrany do Rady Miasta, a następnie Rady Powiatu Gnieźnieńskiego. W 1947 został wybrany przez radę miasta Gniezna Prezydentem Miasta Gniezna. Funkcję ten sprawował od 1947 do 1950, tj. do chwili ustawowej likwidacji tego urzędu.
W roku 1950 Wojciech Wydra-Nawrocki jako osoba ideologicznie podejrzana z powodu przedwojennej działalności oraz pracy jego siostry w ambasadzie USA w Warszawie, został pozbawiony członkostwa w PZPR i tym samym stracił możliwość zajmowania znaczących stanowisk. Nadal jednak uczestniczył w wielu lokalnych inicjatywach społecznych, m.in. pomagał w budowie szkoły, był jednym z aktywizatorów działalności Spółdzielni Mieszkaniowej, do końca swojego życia pozostawał aktywnym członkiem gnieźnieńskiego koła ZBOWiD.
W roku 1948 poślubił Apolonię z domu Dolata (1926–2015)[dostęp 2015-07-20]. Miał córkę Małgorzatę (ur. 1949) i syna Macieja (ur. 1951), oboje zostali absolwentami Politechniki Poznańskiej.
Zmarł nagle w swoim gnieźnieńskim domu. Pochowany został na Cmentarzu św.