W momencie wybuchu II wojny światowej na żądanie Wielkiej Brytanii zerwał stosunki dyplomatyczne z Niemcami i zagwarantował Brytyjczykom wszelką pomoc ze strony Iraku. Wprowadził także cenzurę, racjonowanie żywności, godzinę policyjną, rządził za pomocą dekretów. Starał się przy tym zachowywać równowagę między żądaniami brytyjskimi i nacjonalizmem arabskim, któremu hołdowali iraccy oficerowie (i z którym łączyły się sympatie proniemieckie). Zgodził się na zaproszenie do Bagdadu Muhammada Amina al-Husajniego, przywódcy przegranego powstania w Palestynie. Szybko stał się on znacząca postacią na irackiej scenie politycznej, przyczyniając się do wzrostu i tak żywych nastrojów antybrytyjskich. As-Sa’id przekonywał al-Husajniego do zalet brytyjskiej Białej Księgi z 1939, w której widział pożyteczną obietnicę niepodległości Palestyny i porzucenia projektów jej podziału między Arabów i Żydów, których napływ miał być dodatkowo ograniczony. Nie zdołał jednak wpłynąć na zmianę poglądów al-Husajniego.