W związku z tą działalnością w listopadzie 1938 przez kilka dni znajdował się w bieckim areszcie.

We wrześniu 1939 Fusek zgłosił się do wojska w Przemyślu, gdzie go przydzielono do służby w szpitalu polowym. Wraz z wojskiem przemaszerował do Brzeżan, unikając aresztowania i niewoli sowieckiej, po czym piechotą wrócił do Biecza, gdzie zaangażował się wraz z rodziną w działalność konspiracyjną. Brał udział w powołaniu wraz z miejscową inteligencją Narodowej Organizacji Wojskowej, w ramach której na swojej posesji gromadził broń i kolportując podziemną prasę. Dodatkowo w piwnicy swojego domu przy pomocy Józefa Kostrzewskiego zorganizował nasłuch radiowy, dzięki czemu przekazywał wychwytane komunikaty do podziemnego obiegu.

Witold Fusek został aresztowany w lipcu 1940 wskutek denuncjacji. Po przesłuchaniu został zwolniony. 19 maja 1941 zatrzymano go wraz z żoną, córką i personelem apteki i przewieziono do więzienia w Jaśle. Stamtąd przetransportowano ich do Tarnowa, a 27 lipca 1941 skierowano do Auschwitz. W obozie Witold Fusek został oznaczony numerem 18699. Zgodnie z uzyskaną od współwięźniów informacją zmarł wkrótce w wyniku krwawej biegunki głodowej.