popr, paroccipital process. Nigerzaur miał delikatną czaszkę. Na jej bocznej powierzchni występowało 5 parzystych okien (otworów), czyli więcej niż w przypadku innych zauropodomorfów. Całkowita powierzchnia kości przytwierdzających pysk do tylnej części czaszki miała tylko 1 cm². Te łączące obie części czaszki elementy miały zazwyczaj mniej niż 2 mm grubości. Pomimo tego czaszka znosiła ruchy zębów. Inna unikalna wśród zauropodomorfów cecha to zamknięcie okien nadskroniowych. Otwór nosowy był wydłużony. Kość nosowa nie jest znana w całości, wydaje się jednak, że przedni brzeg parzystego otworu nosowego leżał bliżej pyska niż u innych diplodokokształtnych. Pysk był też proporcjonalnie krótszy, a rzędy zębów położone w mniejszym stopniu ku przodowi. Żaden inny czworonóg nie miał wszystkich zębów ulokowanych tak daleko z przodu jak nigerzaur.