Późniejsze analizy filogenetyczne Damianiego i Yatesa (2003), Schocha i współpracowników (2007), Schocha (2008), Fortuny'ego, Galobarta i De Santistebana (2011) potwierdziły hipotezę Schocha (2000) o bliższym pokrewieństwie Benthosuchus z trematozaurami niż z kapitozaurami; tym samym używanie definicji filogenetycznej Damianiego (2001) doprowadziłoby do konieczności zaliczenia do Mastodonsauroidea również trematozaurów. Damiani i Yates (2003) wyłączyli Benthosuchus z Mastodonsauroidea, nie przedstawiając jednak nowej definicji filogenetycznej tej grupy. Z analizy Schocha (2013) wynika natomiast bliższe pokrewieństwo Benthosuchus z Capitosauroidea niż z trematozaurami; autor zaznacza jednak, że wsparcie takiej hipotezy jest słabe, a pozycja filogenetyczna tego rodzaju w obrębie stereospondyli pozostaje niepewna.
Propozycja Damianiego (2001) zastąpienia nazwy Capitosauroidea przez Mastodonsauroidea spotkała się z krytyką ze strony Mosera i Schocha (2007);