Instytut Systematyki i Ewolucji Zwierząt Polskiej Akademii Nauk w Krakowie jest prawdopodobnie najstarszą placówką badawczą Polskiej Akademii Nauk, działającą bez przerwy w tym samym miejscu.
Rys historyczny Założony w 1865 przez Towarzystwo Naukowe Krakowskie, pierwotnie pod nazwą: Komisja Fizjograficzna. W tym samym roku jako integralna całość zostało utworzone Muzeum Przyrodnicze Instytutu Systematyki i Ewolucji Zwierząt PAN – początkowo nazwane: Muzeum Fizjograficzne.
Instytut przetrwał mimo wojen, zmian rządów i wpływów zagranicznych. W następstwie burzliwych wydarzeń politycznych, zarówno nazwa, jak i przynależność instytutu były przedmiotem wielu zmian w trakcie jego istnienia. Większość decyzji w sprawie tych zmian zostało podjętych pod naciskiem osób nie związanych z Instytutem, a nie przez jego władze.
Prawie od samego początku swego istnienia Instytut był placówką prowadzącą równolegle trzy kierunki działalności: badania naukowe, gromadzenie zbiorów naukowych, oraz organizowanie wystaw przyrodniczych.