12 Batalion Medyczny–Wojskowa Specjalistyczna Przychodnia Lekarska Formowanie, zadania, szkolenie 26 marca 1996 roku dowódca 12 DZ wydał rozkaz, na podstawie zarządzenia szefa Sztabu Generalnego WP nr 086/Org. z 19 grudnia 1994 r., o przeformowaniu do końca roku 45 Batalionu Medycznego-Szpitala Wojskowego w 12 Batalion Medyczny-Wojskowa Specjalistyczna Przychodnia Lekarska. W dniach 16–27.06.1997 roku komisja Departamentu Kontroli Ministerstwa Obrony Narodowej pod przewodnictwem płk. dypl. Stanisława Janikowskiego przeprowadziła kontrolę gospodarczą w 12 Batalionie Medycznym-Wojskowa Specjalistyczna Przychodnia Lekarska.
W dniach 17–20 czerwca 1997 roku jednostka uczestniczyła w ćwiczeniu dowódczo-sztabowym pod kryptonimem „Opal-97”, w 1998 roku – w ćwiczeniach „Opal-98”, a w 1999 roku – w ćwiczeniach „Bałtycki Trójkąt” oraz „Węgielny Wyłom”.