Od tej pory był dość często oddelegowywany do podobnych zadań i to mimo tego, że cierpiał na chorobę morską. W 1874 roku był szefem zespołu, który dnia 8 grudnia obserwował tranzyt Wenus na Wyspach Kerguelena. Perry przeprowadził tam także badania dotyczące pogody i w 1879 roku zostały wykorzystane przez służby meteorologiczne Wielkiej Brytanii. W 1882 roku również stał na czele wyprawy mającej dokonać obserwacji astronomicznych w pobliżu wybrzeży Madagaskaru. W 1886 roku wziął udział w ekspedycji Royal Society na Karaiby w celu obserwacji zaćmienia Słońca dnia 19 sierpnia. Artykuły zawierające wyniki tych obserwacji zostały później opublikowane w Philosophical Transactions of the Royal Society. W 1887 roku wziął udział w ekspedycji naukowej, której zadaniem było dokonanie obserwacji zaćmienia z dnia 19 sierpnia. Ostatnia wyprawa naukowa, w której wziął udział miała miejsce w 1889 roku na Îles du Salut i zakończyła się jego śmiercią. Doszło do niej w wyniku zlekceważenia przez Perry’ego względów bezpieczeństwa. Został pochowany na cmentarzu w okolicach Georgetown.