Liczne spośród nich są cenne przyrodniczo i zachowały się dzięki ochronie starodrzewu na mniejszej części lasu.
Ochrona Przyrody mały|230px|W regionalnym rezerwacie przyrody Bagna Larchant mały|230px|Puszcza w okolicy miasta Fontainebleau
Teren puszczy podlega wielu formom ochrony przyrody, zarówno na poziomie regionalnym, jak i międzynarodowym: Las ochronny: chroni cały obszar puszczy przed budową nowej infrastruktury, wymusza utrzymanie obecnego sposobu zagospodarowania terenu. Natura 2000 (obszar ochrony ptaków i siedlisk): powołany na obszarze takim, jak las ochronny, wymusza ochronę siedlisk i jest rozpoznawany na poziomie międzynarodowym. Rezerwat biosfery UNESCO: powołany w 1998 r. na obszarze puszczy i Parku Regionalnego Gâtinais Francuskiego; ma na celu promowanie zrównoważonego rozwoju i koordynację różnych instytucji działających na jego obszarze oraz widoczność w skali międzynarodowej. Obszary klasyfikowane: obszary, których stan nie może zostać zmieniony, bądź zniszczony przez działalność człowieka. Wprowadzone prawem z 2 maja 1930 r. są najstarszą formalną formą ochrony przyrody we Francji pozwalającą ingerować państwu we własność prywatną. Rezerwaty biologiczne: powołane po raz pierwszy w 1953 r. na terenie Puszczy Fontainebleau do 1967 r. zastąpiły rezerwaty artystyczne.