Podobne zmiany nie zostały zaobserwowane w przypadku jeziora Wostok.
Woda w jeziorze podlodowcowym ma bezpośredni kontakt z lodowcem. Część wody zamarza, przyrastając do spodu lodowca; jest to tzw. lód akreowany. Cechuje się ona bardzo dużymi kryształami o dużej czystości, odróżniającymi się od lodu pochodzącego z opadów, zgromadzonego powyżej.
Niektóre jeziora podlodowcowe, w szczególności grenlandzkie, prawdopodobnie powstają z topniejącego lodu i nie są izolowane od wód powierzchniowych.
Jeziora te są generalnie słodkowodne, ale w przypadku gdy lodowiec leży na podłożu zawierającym sole, mogą być także jeziorami słonymi – taka sytuacja ma miejsce na wyspie Devon.
Ekologia mały|Dno podlodowcowego Jeziora Whillansa, sfotografowane przez miniaturową łódź podwodną Odkrycie jezior podlodowcowych skłoniło naukowców do rozważań nad występowaniem w nich organizmów żywych, tworzących ekosystemy odizolowane przed tysiącami lat od warunków panujących na powierzchni. W styczniu 2013 roku amerykański zespół badaczy pobrał próbki wody z Jeziora Whillansa i potwierdził występowanie w nich organizmów żywych. W próbce wody stwierdzono ok.