Gniazdo Sikora czubatka jest dziuplakiem. Lęgnie się w samodzielnie wydrążonej dziupli w mocno spróchniałym, zmurszałym drewnie o wąskim (2,5–3 cm średnicy) otworze na wysokości do 1,5 m nad ziemią (podobnie zatem jak u innych sikor) lub w szczelinach w drzewie, pniach i jamach pod korzeniami. Samica może kuć dziuplę od nowa albo poszerzać już istniejącą lukę w drewnie. Co roku drąży nową dziuplę w spróchniałym pniu. W skrzynkach lęgowych, znajdujących się w jej środowisku naturalnym, gnieździ się rzadko. Notuje się też gnieżdżenie w gniazdach ptaków drapieżnych, wiewiórek i strzyżyków. Materiałem, z którego składa się konstrukcja lęgowa, są mech, porosty, trawa, łyko, a wyściółkę stanowi wełna, sierść i pajęczyna. Zwykle nie znajduje się tam piór.
Jaja thumb|Jaja czubatki z kolekcji muzealnej|lewo 2 lęgi w roku w korzystnych latach, zwłaszcza na południu – przeciętnie jeden, w zniesieniu 5–6, a wyjątkowo 7 jaj (to najmniej wśród sikor), podobnych do jaj czarnogłówki, o średnich wymiarach 12 × 16 mm, o białym tle z rdzawoczerwonymi, dosyć gęstymi plamkami i wyraźnym połyskiem.