W 1932 został wybrany na posła do Reichstagu, a już w 1935 uzyskał w SS bardzo wysoki stopień SS-Obergruppenführera.
Okres II wojny światowej Od 4 października 1939 do 9 listopada 1943 Krüger sprawował funkcję Wyższego Dowódcy SS i Policji (Höherer SS- und Polizeiführer) w Generalnym Gubernatorstwie (GG) w okupowanej przez III Rzeszę Polsce. Jest on odpowiedzialny za całe pasmo zbrodni popełnionych na obywatelach polskich, organizując masowy terror na obszarze GG: Odpowiedzialny za masową eksterminację Żydów polskich, w szczególności za utworzenie gett i stworzenie w nich okropnych warunków, powodujących wysoką śmiertelność ich mieszkańców oraz masową eksterminację Żydów w obozach zagłady Treblinka, Belzec i Sobibor (tzw. Operacja Reinhard). Nadzorował także likwidację getta warszawskiego. Ponosi odpowiedzialność za terror stosowany wobec cywilnej ludności polskiej, w tym za Akcję AB, masowe egzekucje, „akcje pacyfikacyjne” czy umieszczanie Polaków w obozach koncentracyjnych. Kierował także akcją przesiedleńczą na Zamojszczyźnie, gdy wysiedlono 110 tysięcy ludzi, przygotowując obszar pod niemiecką kolonizację.
Liczbę ofiar jego działalności należy liczyć w milionach (w samych obozach zagłady podczas Operacji Reinhard zginęło ok.