W marcu 1939 pełnił służbę w 58 pułku piechoty na stanowisku oficera administracyjno-materiałowego. W sierpniu 1939 delegowany został do Ośrodka Zapasowego 14 Dywizji Piechoty w Strzelcach koło Kutna. W czasie Kampanii wrześniowej w jego składzie. Wraz z ośrodkiem ewakuował się w stronę Warszawy, gdzie przekroczył Wisłę, a następnie wycofywał się w stronę Lublina, Chełma Lubelskiego, Lubartowa. W drugiej połowie września, po stoczonej w pobliżu Lublina potyczce, nastąpiła likwidacja oddziału. Wawrzyniec Mazany rozdzielił pośród żołnierzy kasę pułkową i samodzielnie skierował się w do Warszawy, a następnie w przebraniu furmana powrócił do Poznania pod koniec września.
W październiku 1939 powrócił do Poznania i włączył się w działalność konspiracyjną. W tym czasie nie mieszkał już z rodziną. Pod zmienionym nazwiskiem (Jankowski, Kruger) pracował w niemieckiej firmie, wyjeżdżał poza Poznań, by zbierać zamówienia na pasty do podłóg i farby. Praca zawodowa ułatwiła działalność konspiracyjną – umożliwiała bowiem podróże po całej Wielkopolsce. right|200px|thumb|Kapitan Wawrzyniec Mazany w 1941 roku, w okresie okupacji Polski przez nazistowskie Niemcy