Znał również język francuski oraz niemiecki, a w mniejszym stopniu angielski oraz włoski.
W 1887, z błogosławieństwa arcybiskupa chełmskiego i warszawskiego Leoncjusza, zrezygnował ze służby państwowej i podjął studia w Petersburskiej Akademii Duchownej. Na trzecim roku złożył wieczyste śluby mnisze przed rektorem Akademii, biskupem wyborskim Antonim. Przyjął imię zakonne Nestor na cześć św. Nestora Kronikarza. 1 października 1889 przyjął z rąk biskupa Antoniego, w soborze św. Włodzimierza w Petersburgu, święcenia diakońskie. Na kapłana wyświęcono go 2 lutego 1890 w cerkwi św. Katarzyny w tym samym mieście. Rok później ukończył studia ze stopniem kandydata nauk teologicznych i zamieszkał w Ławrze św. Aleksandra Newskiego. W monasterze spędził jednak tylko dwa miesiące, gdyż arcybiskup wileński i litewski Donat uczynił go namiestnikiem monasteru Św. Ducha w Wilnie. W 1892 otrzymał godność archimandryty. Przebywając w Wilnie, archimandryta Nestor zasiadał w radzie szkolnej eparchii wileńskiej i litewskiej i w jej konsystorzu.