Drugi patrol u wybrzeża Berberii W kwietniu 1804 roku prezydent Jefferson zdecydował się na wzmocnienie eskadry Preble’a. „President”, „Congress”, „Constellation” i „Essex” przygotowywały się do wypłynięcia pod komodorem Samuelem Barronem. „President” został wybrany na okręt flagowy, jednak przed drogą wymagał wymiany bukszprytu oraz naprawy masztu i takielunku. Minęły dwa miesiące, nim eskadra była gotowa do rejsu. Ostatecznie wypłynęła pod koniec czerwca, by dotrzeć do Gibraltaru 12 sierpnia.
16 sierpnia „President” i „Constellation” opuściły Gibraltar, odwiedziwszy wcześniej Maltę, a 10 września dołączyły do „Constitution”, „Argusa” i „Vixena” na wodach wokół Trypolisu. Spostrzegłszy trzy okręty usiłujące przerwać blokadę Trypolisu, eskadra ruszyła do ataku. Podczas pościgu gwałtowna zmiana kierunku wiatru spowodowała zderzenie „Presidenta” z „Constitution”, w wyniku czego rufa, dziób oraz galion tego drugiego zostały poważnie uszkodzone. Dwie zdobyte jednostki odesłano na Maltę w asyście „Constitution”, a „President” pożeglował do Syrakuz, gdzie dotarł 27 sierpnia.