Aleje spełniają ważną rolę w kształtowaniu krajobrazu.
Zagrożenia Zagrożeniami dla obszaru stanowi: wycinka zadrzewień (zwłaszcza podczas modernizacji dróg), wybiórcze usuwanie pojedynczych starych drzew ważnych dla pachnicy dębowej, zasolenie poboczy dróg, co powoduje zamieranie drzew, intensyfikacja rolnictwa, która wiąże się z likwidacją wszelkich zadrzewień śródpolnych, presja turystyczno-rekreacyjna, w tym osadnicza.
Ochrona przyrody Aleje Pojezierza Iławskiego w większości są zlokalizowane na terenie Obszaru Chronionego Krajobrazu Pojezierza Iławskiego część A i B oraz Parku Krajobrazowego Pojezierza Iławskiego. Dodatkowo część z nich jest objęta ochroną jako pomniki przyrody: Aleja Napoleońska w Szymbarku Aleja śródpolna prowadząca ze wsi Gardzień do starego koryta rzeki Osy w stronę Szymbarka Śródpolna aleja o długości ok. 3 km prowadząca z miejscowości Kamionka w stronę Szymbarka wzdłuż Jeziora Szymbarskiego Aleja prowadząca od miejscowości Szymbark w kierunku wschodnim od szosy Iława – Susz do drzewostanu oddz. 180 (N-ctwo Iława, 2007 r.) Aleja od lasu oddz.