Na przykład w ścieżce Sizuru Kagari z powodzeniem inicjuje ponowną ewolucję, a w ścieżce Akane pomimo zabicia Kagari Gaia wciąż niszczy świat, używając jej zwłok.
Po ukończeniu pięciu ścieżek bohaterek opowieść przenosi się na Księżyc, na którym z resztek energii Ziemi powstała „cywilizacja ogrodu”. Bohater jest w tym momencie jednolitym bytem, posiadającym wspomnienia indywidualnych Kotarou ze wszystkich światów równoległych, w których ludzkość została zniszczona. Na wzgórzu spotyka on Kagari z Księżyca, starającą się znaleźć sposób na uchronienie Ziemi i ludzkości przed zagładą. Kotarou próbuje zyskać dla niej czas, walcząc z chowańcami wysyłanymi przez Sakurę Kashimę, Świętą Kobietę z Gaii. Jej celem jest zabicie Kagari i niedopuszczenie, aby jej plan się powiódł. Kotarou sprawia, że na pomoc przychodzą mu pozostali bohaterowie, dzięki czemu Kagari udaje się znaleźć „możliwość”, szansę na istnienie zarówno Ziemi, jak i ludzi. Energia Księżyca zostaje zwrócona planecie, z której pierwotnie pochodziła, co pozwala na przeprowadzenie na jej powierzchni ostatecznej ponownej ewolucji według planu stworzonego przez Kagari.