Po pokonaniu wszystkich czterech Mistrzów Robotów powraca do laboratorium Dr. Lighta. Twórca informuje Mega Manowi, że z robotem wszystko powinno być dobrze, a następnie obaj opuszczają pomieszczenie. Po chwili robot budzi się, widzi purpurową energię, jest wściekły i odlatuje w dal. Mega Man wyrusza do kopalni i spotyka Proto Mana, który mówi mu, że Dr. Wily znajduje się w podziemnej wieży. Niebieski robot idzie w przód, ale zostaje schwytany przez gigantycznego robota. Z opresji ratuje go tajemniczy robot i przedstawia się jako Duo, a także ujawnia jego przeznaczenie. Duo wyjaśnia mu, że purpurowe kule to zła energia. Jednakże, wieża Wily'ego posiada barierę, która zapobiega źródło energii. Mega Man postanawia wyruszyć do walki z czterema pozostałymi Mistrzami Robotów (Astro Man, Sword Man, Search Man i Aqua Man).
Po pokonaniu wszystkich Mistrzów Robotów, bariera wieży Dr. Wily'ego zostaje uniesiona. Mega Man udaje się do pomieszczenia i pokonuje hordy robotów, w tym jego rywala Bassa, a w ostatecznej bitwie staje do walki ze złym