Dorobek naukowy Zainteresowania naukowe Leszka Ziątkowskiego koncentrują się wokół problematyki związanej z historią Polski i powszechną epoki nowożytnej (XVI-XIX wieku) oraz historii Żydów i historii Śląska. Jest on autorem dziewięciu monografii, w tym jednej w języku niemieckim, współautorem 15 monografii, 46 artykułów, recenzji, sprawozdań. Uczestniczył w licznych krajowych oraz zagranicznych konferencjach naukowych, zjazdach. Kierował lub współkierował trzema grantami, brał udział w realizacji czterech grantów. Obecnie jest kierownikiem jednego z zespołów badawczych w projekcie Fundacji Rothschilda. Do jego najważniejszych publikacji należąDane na podstawie Biblioteki Uniwersytetu Wrocławskiego, stan na XII 2013 roku: Ludność żydowska we Wrocławiu w latach 1812-1914, Wrocław 1998. Dzieje Żydów we Wrocławiu, Wrocław 2000. Pieszyce od czasów najdawniejszych do końca XX wieku, Toruń 2002; współautorzy: Mateusz Goliński, Jan Kęsik. Szkolnictwo żydowskie we Wrocławiu do połowy XIX wieku, Wrocław 2005. Między niemożliwym a koniecznym.