Po zajęciu Kijowa przez Armię Czerwoną w styczniu 1919 ukrywał się przed Czeka pod nazwiskiem Josypa Stefanowycza, współpracował z Ukraińską Akademią Nauk, latem 1919 ukrywali się wspólnie z Serhijem Jefremowem pod Kijowem. Po zajęciu miasta 30 sierpnia 1919 przez Siły Zbrojne Południa Rosji gen. Antona Denikina redagował pismo „Rada”, publikował krytyczne teksty o polityce Denikina wobec Ukraińców i zachowaniu Armii Ochotniczej. Po ponownym zajęciu Kijowa przez bolszewików żył pod własnym nazwiskiem, zaangażował się natomiast w działalność niejawnego Komitetu Obywatelskiego o płaszczyźnie demokratycznej, republikańskiej i antybolszewickiej, skupionego wokół Serhija Jefremowa i złożonego głównie z działaczy Ukraińskiej Partii Socjalistów-Federalistów. Po zajęciu 4 maja 1920 Kijowa przez Wojsko Polskie i Armię URL w konsekwencji wspólnej ofensywy na Ukrainie, 26 maja 1920 został powołany przez Symona Petlurę nowy rząd URL, którego premierem został członek kijowskiego komitetu Wiaczesław Prokopowycz, a do składu rządu weszli inni członkowie tego komitetu: Ołeksandr Salikowski i Andrij Nikowski. Nikowski objął tekę ministra spraw zagranicznych. Sprawował ją również do stycznia 1922 w działającym w Tarnowie Rządzie Ukraińskiej Republiki Ludowej na Emigracji. Od listopada 1921 do stycznia 1922 był wicepremierem.