Dorobek naukowy Zainteresowania naukowe Małgorzaty Kowalczyk koncentrują się wokół zagadnień związanych z historią nowożytną ze szczególnym uwzględnieniem: historii podróży, historii kobiet, rodziny w dawnej Polsce, życiem codziennym w czasach nowożytnych, stosunkami kulturalnymi polsko-włoskimi oraz mniejszościami narodowymi i etnicznymi w Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Do jej najważniejszych publikacji należąDane na podstawie Biblioteki Uniwersytetu Wrocławskiego, stan na XII 2013 roku: Obraz Włoch w polskim piśmiennictwie geograficznym i podróżniczym osiemnastego wieku, Toruń 2005. Z dziejów kultury czasów nowożytnych. Wybór tekstów źródłowych, Toruń 2009. Situation of the Roma minority in the Czech Republic, Hungary, Poland and Slovakia, Wrocław 2011; wspóredaktorzy: Jaroslav Balvin, Łukasz Kwadrans. Apolonia Helena Massalska, Pamiętniki pensjonarki. Zapiski z czasów edukacji w Paryżu (1771-1779), wstęp i opracowanie Małgorzata Ewa Kowalczyk, przekład z języka francuskiego Anna Pikor-Półtorak, Kraków 2012. Katarzyna z Sosnowskich Platerowa, Moja podróż do Włoch.