W tej sytuacji w 1489 szkoła gelugpa została siłą wykluczona z zapoczątkowanej przez jej duchowego założyciela Congkhapę Wielkiej Ceremonii Modlitw. Z kolei przywódca szkoły karma kagyu VII Karmapa zbudował klasztory swojej linii w pobliżu klasztorów Drepung i Sera w celu zakwestionowania ich pozycji. Po raz kolejny zmuszony do opuszczenia miejsca pobytu Gendun Gjaco założył klasztor Czokorgjal (1506) (Wylie Chos-'khor-rgyal), lecz również tutaj nie zaznawszy spokoju przeniósł się ostatecznie do przyjaznego już wtedy Taszilunpo. Jego opatem został w 1512, a po kilku latach, w wyniku zmiany sytuacji politycznej, stanął także na czele klasztoru Drepung (1517). W jakiś czas później, przy wsparciu (tytularnych już tylko) władców z dynastii Phagmodru, odzyskał dla gelugpów miejsce w Wielkiej Ceremonii Modlitw, a objęcie zwierzchnictwa (1525) nad klasztorem Sera (trzeciego z wielkich klasztorów-uniwersytetów gelugpa) przypieczętowało jego rosnącą pozycję.
Według badaczy konieczność ciągłego podróżowania stała się dla Genduna Gjaco przyczyną lepszej rozpoznawalności i motorem rosnącego wsparcia wiernych w różnych regionach kraju.