Teoria tradycyjnej medycyny chińskiej nie jest oparta na wiedzy naukowej, ponadto osoby praktykujące jej metody nie zgadzają się ze sobą co do sposobów diagnozy i leczenia. Efektywność chińskiej medycyny ziołowej jest słabo przebadana i udokumentowana. Istnieją obawy odnośnie do ilości potencjalnie toksycznych roślin, części zwierząt i minerałów w środkach medycyny chińskiej, np. kwas arystolochowy występujący w wielu ziołach tradycyjnej medycyny chińskiej został powiązany z chorobami nerek i różnymi odmianami raka. Poza tym istnieją obawy odnośnie do nielegalnego handlu i transportu zagrożonych gatunków, takich jak nosorożce i tygrysy, oraz traktowania specjalnie hodowanych do tych celów zwierząt, np. niedźwiedzi. Analiza kosztów-efektywności wykazała, że badania w tradycyjnej medycynie chińskiej mają niski poziom dowodowy i dotychczas nie wykazały korzystnych wyników. Prowadzone są badania farmaceutyczne nad potencjalnym użyciem środków tradycyjnej medycyny chińskiej w nowych lekach, z małą ilością pozytywnych rezultatów. Artykuł wstępny w czasopiśmie „Nature” opisał tradycyjną medycynę chińską jako powiązaną z pseudonauką i stwierdził, że większość jej zabiegów nie ma logicznego mechanizmu działania.