W 1960 Kamal ad-Din Husajn został wiceprezydentem i przewodniczącym Rady Wykonawczej Zjednoczonej Republiki Arabskiej (unii Egiptu z Syrią) i zachował to stanowisko do upadku tego państwa w roku następnym. Wiceprezydentem Egiptu był jeszcze przez trzy lata. Podał się do dymisji w 1964, protestując przeciwko interwencji swojego kraju w wojnie domowej w Jemenie Północnym. Następnie utworzył komitet, który wystąpił z publiczną krytyką Karty Narodowej - dokumentu programowego rządu Nasera, przedstawiającego plan budowy w Egipcie socjalizmu dostosowanego do realiów kraju. Sprzeciwiał się także formowaniu w miejsce Unii Narodowej kolejnej monopartii - Arabskiej Unii Socjalistycznej i krytykował kampanię nacjonalizacji przedsiębiorstw, którą określił jako koncepcję komunistyczną i antyislamską. Był również niechętny zacieśnianiu współpracy egipsko-radzieckiejStępniewska-Holzer B., Holzer J.: Egipt. Stulecie przemian. Warszawa: Wydawnictwo Akademickie DIALOG, 2006, s. 178. .. Do końca lat 60. XX wieku ograniczył swoje wystąpienia publiczne, reprezentował jedynie Egipt na mniej istotnych konferencjach międzynarodowych, od 1960 do 1963 kierował egipskim komitetem olimpijskim.