W 2006 przedstawiono jej zarzuty korupcyjne, przez okres około miesiąca była tymczasowo aresztowana. Śledztwo nie potwierdziło zarzutów i zostało w 2008 umorzone. Věra Jourová wystąpiła o odszkodowanie za niezasadne tymczasowe aresztowanie – praski sąd okręgowy w 2014 nieprawomocnie przyznał jej 2,7 miliona koron czeskich, część jej roszczeń uznano za przedawnione.
Po odejściu z administracji rządowej zajęła się prowadzeniem firmy konsultingowej. Przez kilka lat była członkiem Europejskiej Partii Demokratycznej. Dołączyła do ugrupowania ANO 2011, które założył Andrej Babiš. W 2013 została pierwszą wiceprzewodniczącą tej partii. W tym samym roku została wybrana do Izby Poselskiej. 29 stycznia 2014 objęła stanowisko ministra rozwoju regionalnego w koalicyjnym rządzie Bohuslava Sobotki. Odeszła z rządu 3 października tego samego roku w związku z planowaną nominacją do Komisji Europejskiej.