Najgroźniejszym objawem niepożądanym, z którym może wystąpić w przypadku leczenia analogami purynowymi, jest supresja szpiku kostnego (zmniejszenie liczby komórek szpiku kostnego).
Działanie obydwu wymienionych leków polega na indukcji apoptozy komórek białaczkowych poprzez zaburzenie ich metabolizmu na skutek zahamowania syntezy DNA.
Nawroty choroby po leczeniu analogami puryn obserwuje się zazwyczaj po wielu latach od jego zakończenia. Pojawiają się one w 48% przypadków po 10 latach remisji. W związku z zagrożeniem, iż po skutecznym powtórzeniu takiego samego leczenia po wznowie okres remisji będzie krótszy niż 3 lata, zaleca się zmianę leku (na inny analog purynowy). Wymienia się fludarabinę, klofarabinę oraz nelarabinę. Obiecujące wyniki przynosi również zastosowanie rytuksymabu, szczególnie w połączeniu z kladrybiną.