Puerto Ayora – miasto portowe w Ekwadorze, położone nad na południowym wybrzeżu wyspy Santa Cruz w prowincji Galápagos. Jest siedzibą kantonu Santa Cruz i największym miastem archipelagu Galápagos, a zarazem jego głównym ośrodkiem turystycznym i usługowym.
Według spisu przeprowadzonego w 2022 roku przez ekwadorski urząd statystyczny (INEC) parafia Puerto Ayora liczyła 12 737 mieszkańców, a obszar miejski kantonu Santa Cruz – 12 696. W mieście mieszczą się Stacja Badawcza im. Karola Darwina oraz siedziba Dyrekcji Parku Narodowego Galápagos.
Położenie i administracja mały|Panorama Puerto Ayora od strony zatoki Puerto Ayora leży na południowym brzegu Santa Cruz, przy Zatoce Akademii, i jest siedzibą kantonu Santa Cruz w prowincji Galápagos. Z lotniskiem na Baltrze łączy je trasa obejmująca przeprawę przez cieśninę Itabaca i drogę biegnącą przez wyżynną część wyspy.
W strukturze osadniczej Galápagos Puerto Ayora jest większe od pozostałych głównych miast archipelagu, Puerto Baquerizo Moreno i Puerto Villamil. Spis rozróżnia obszar miejski kantonu (12 696 mieszkańców) i parafię Puerto Ayora (12 737), będącą ekwadorską jednostką administracyjną niższego rzędu w obrębie kantonu.