W czerwcu 1954 roku z powodu ciężkiej choroby otrzymał roczny urlop w odbywaniu kary, który przedłużano mu jeszcze dwukrotnie, a 21 maja 1956 roku Sąd Wojewódzki w Warszawie złagodził mu karę na podstawie amnestii z 27 kwietnia 1956 roku do 5 lat więzienia uznając jednocześnie karę za odbytą. Zwolniony z więzienia 13 czerwca 1956 roku. Zamieszkał w Krakowie. W marcu 1960 roku sąd uniewinnił go ze stawianych mu zarzutów i tym samym zrehabilitował. Został pochowany na cmentarzu wojskowym przy ul. Prandoty w Krakowie 7 września 1977 (kw. 8 wojsk.-6-15). mały|Grób płka Jana Władyki na cmentarzu wojskowym przy ul. Prandoty w Krakowie (lipiec 2022) Awanse porucznik – 3 maja 1922 roku zweryfikowany ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919 roku i 93. lokatą w korpusie oficerów inżynierii i saperówRocznik oficerski 1923, s. 909. kapitan – 31 marca 1924 roku ze starszeństwem z dniem 1 lipca 1923 roku i 55. lokatą w korpusie oficerów inżynierii i saperówRocznik oficerski 1932, s. 252Dziennik Personalny Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 32 z 2 kwietnia 1924 roku, s. 176. major – 27 czerwca 1935 roku ze starszeństwem z dniem 1 stycznia 1935 roku i 7. lokatą w korpusie oficerów inżynierii i saperówRocznik oficerski 1939, s.