BMCA rozstrzyga przede wszystkim jakość i priorytet samych zegarów, a nie wszystkie cechy sieci między nimi. Z tego powodu w projektowaniu systemu PTP znaczenie mają również rozmieszczenie zegarów granicznych i transparentnych, wybór profilu, separacja ruchu czasowego, symetria opóźnień oraz obsługa sprzętowych znaczników czasu w elementach infrastruktury.
Synchronizacja i opóźnienie ścieżki thumb|360px|Wymiana komunikatów Sync, Follow_Up, Delay_Req i Delay_Resp w PTP. Synchronizacja w PTP opiera się na wymianie komunikatów z dokładnymi znacznikami czasu. Zegar nadrzędny wysyła komunikat Sync, a w trybie dwukrokowym dodatkowy komunikat Follow_Up zawierający dokładny czas nadania. Odbiorca porównuje czas otrzymania komunikatu z własnym zegarem, a następnie bierze udział w wymianie Delay_Req i Delay_Resp, aby oszacować opóźnienie ścieżki między zegarem nadrzędnym a podrzędnym.
W klasycznym opisie wymiana składa się z czterech znaczników czasu:
T1 – moment nadania komunikatu Sync przez zegar nadrzędny; T2 – moment odebrania Sync przez zegar podrzędny; T3 – moment nadania komunikatu Delay_Req przez zegar podrzędny; T4 – moment odebrania Delay_Req przez zegar nadrzędny.