Wkrótce potem Selene rozwiodła się z bratem.

W międzyczasie Kleopatra III nawiązała sojusz z seleucydzkim królem Syrii, Antiochem VIII Gryposem i oddała mu Selene za żonę (wcześniejsza żona Gryposa, Kleopatra Tryfajna, również córka Kleopatry III została zamordowana w 111 p.n.e. przez jego brata przyrodniego Antiocha IX Kyzykeńczyka). W Syrii trwała wówczas krwawa wojna domowa pomiędzy dwoma Seleukidami – Gryposem i Kyzykeńczykiem, którzy odbijali jeden drugiemu poszczególne części Syrii. Kiedy w 96 p.n.e. Kyzykeńczyk zamordował Gryposa, wkrótce po przejęciu władzy nad państwem poślubił Selene w tym samym roku (Antioch IX był mężem starszej siostry Kleopatry Selene I, Kleopatry IV, którą w 112 p.n.e. zabili siepacze Gryposa). Antioch IX zginął jednak już w 95 p.n.e. Nie mieli wspólnych dzieci. Dla bezpieczeństwa Selene opuściła Syrię po śmierci męża i wyjechała na kilka lat do Cylicji.