W październiku 1993 roku zakład został przekształcony w Katedrę Filologii Polskiej. W jednostce tej pracowało wtedy 35 osób, w tym: 12 samodzielnych pracowników naukowych, 11 doktorów, a także 12 magistrów. 1 lutego 1999 roku katedra przeobraziła się w Instytut Filologii Polskiej. Od 2000 roku instytut rozpoczął prowadzenie studiów podyplomowych. W 2008 roku zarządzeniem władz uczelni jednostka ta zmieniła nazwę na obecną, tzn. Instytut Polonistyki. 26 marca 2012 roku Centralna Komisja do Spraw Stopni i Tytułów przyznała Wydziałowi Filologiczno-Historycznemu Akademii Pomorskiej w Słupsku uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk humanistycznych w dyscyplinie literaturoznawstwo. Od tego czasu na instytucie prowadzone są studia doktoranckie.
Od 1 października 2019 roku, zarządzeniem Rektora AP, Instytut funkcjonuje jako Katedra Filologii Polskiej Akademii Pomorskiej w Słupsku.
Poczet dyrektorów Zakład Filologii Polskiej 1970: doc. dr Edward Homa Katedra Filologii Polskiej 1993-1996: dr hab. Urszula Kęsikowa 1996-1999: dr hab. Kazimierz Cysewski Instytut Filologii Polskiej 1999-2003: dr hab. Kazimierz Chruściński 2003-2008: dr hab. Andrzej Żurowski Instytut Polonistyki 2008-2013: prof. dr hab. Andrzej Żurowski 2013-2019: dr hab.