W dniu 31 października 1731 w Salzburgu, w dzień 214 rocznicy przybicia przez Marcina Lutra 95. tez na drzwiach katedry, książę abp Leopold Anton von Firmian podpisał Dekret Wydalania, Emigrationspatent, nakazując protestantom porzucić niekatolickie wierzenia pod karą wypędzenia z miasta. Wielu mieszkańców musiało sprzedać swój dobytek i wyemigrować. 12 000 salzburskich protestanckich emigrantów przyjął król Prus, Fryderyk Wilhelm I. Ernest Fryderyk II także wydał zezwolenie na osiedlanie się emigrantów w swoim państwie.
Za wstawiennictwem swego wuja księcia Józefa Fryderyka, został Ernst Fryderyk zaproszony do Wiednia, gdzie z rąk cesarza Karola VI otrzymał stopień oficerski cesarskiej armii. W 1743 roku został z kolei mianowany przez Karola IV Teodora generałem porucznikiem. Często schorowany był książę bezradny wobec problemów księstwa. Zadłużenie państwa mimo podejmowanych wysiłków było coraz większe. Ernest Fryderyk II zmarł 13 sierpnia 1745 roku w wielu niespełna 38 lat.