Część jego członków uznała al-Hudajbiego za zdrajcę. Wewnętrzną dyskusję o dalszej działalności Bractwa przerwała jednak rewolucja Wolnych Oficerów.
Po przewrocie 1952 Hasan al-Hudajbi nie opowiedział się początkowo ani za zamachem stanu Wolnych Oficerów, ani przeciwko. Ostatecznie określił się jako zwolennik rewolucji, szybko stało się jednak widoczne, że jego poglądy polityczne były niekompatybilne z programem utworzonej po zwycięskim przewrocie Rady Rewolucyjnych Dowódców. Al-Hudajbi domagał się islamizacji państwa i ograniczenia reformy rolnej do gospodarstw o wielkości powyżej 500 arów (zdaniem lidera wojskowych Gamala Abdel Nasera parcelacji powinny podlegać majątki od 200 arów). Wolni Oficerowie i Bracia Muzułmańscy utrzymywali kontakty przez łączników (Anwar as-Sadat i Zakarijja Muhji ad-Din ze strony wojskowych oraz Ali Aszmawi z ramienia Bractwa), nie podjęli jednak współpracy na żadnym gruncie. Al-Hudajbi nie zdecydował się także na rejestrację Bractwa jako partii politycznej, za czym opowiadała się część jego współpracowników. Nadal uważał, iż islamizacja państwa - ostateczny cel jego organizacji - musi być realizowana poprzez stopniowe i pokojowe przekonywanie społeczeństwaJ. Zdanowski, Współczesna muzułmańska myśl społeczno-polityczna.