Uwięziony al-Hudajbi stracił pozycję lidera Bractwa, którą de facto przejął także przebywający w więzieniu Sajjid Kutb, główny ideolog organizacji, autor sugestywnych komentarzy do Koranu i tekstów politycznych. Zwolniony w 1961, nie miał większego wpływu na działalność BraciJ. Zdanowski, Współczesna muzułmańska myśl społeczno-polityczna. Nurt Braci Muzułmanów, ASKON, Warszawa 2009, s.67.. Publicznie wyrażał poparcie dla koncepcji Kutba zawartych w pracy Słupy milowe na drodze, zgodził się wydać ją jako oficjalne stanowisko organizacji i zachęcać szeregowych członków organizacji do jej czytaniaJ. Zdanowski, Współczesna muzułmańska myśl społeczno-polityczna. Nurt Braci Muzułmanów, ASKON, Warszawa 2009, s.69-71..
Dopiero dwa lata po odzyskaniu wolności al-Hudajbi zdołał zwołać zebranie Rady Przywództwa Braci Muzułmanów. Chociaż doskonale zdawał sobie sprawę z faktu, że organizacja znajdowała się pod pełną kontrolą władz państwowych, zamierzał kontynuować działalność na rzecz islamizacji Egiptu. W kolejnych dwóch latach odniósł znaczące sukcesy w rekrutacji nowych członków. Stało się to przyczyną nowych zmasowanych aresztowań Braci Muzułmanów, dokonanych w 1965. Przywódcy organizacji zostali oskarżeni o posiadanie tajnych magazynów broni i amunicji, przyjmowanie pieniędzy i broni od władz Arabii Saudyjskiej.