Tworzenie Ed Key rozpoczął prace nad Proteusem w 2008 roku, tworząc grę wieczorami i w weekendy. David Kanaga dołączył do niego w 2010 roku. Początkowa wersja gry różniła się znacznie od jej obecnej postaci. Key miał pomysł na proceduralną grę fabularną, podobną do The Elder Scrolls IV: Oblivion, w której gracz wędrowałby po miastach (lokacjach) i wykonywał zadania. Autor zdał sobie sprawę, że tego typu produkcja wymagałaby bardzo dużego nakładu pracy, dlatego zdecydował się na stworzenie niekonwencjonalnej gry pozbawionej przemocy.
Silnik gry, napisany głównie w języku C#, był oryginalnym dziełem Keya, który dodatkowo pozwolił graczom tworzyć modyfikacje do gry. Pierwotnie grafika w grze była oparta na gorszej jakości, 16-bitowej palecie kolorów, później jednak modele i krajobraz gry ulepszono do współczesnego poziomu graficznego. Po dołączeniu Davida Kanagi jako kompozytora twórcy zaczęli kształtować mechanikę dźwięku. Wśród wielu pomysłów na jej postać było pozwolenie graczom na tworzenie własnej muzyki w grze. Koncepcję tę zarzucono z obaw, iż zmniejszy ona wagę eksploracji świata gry oraz zamieni grę w twórcze narzędzie. Twórcy chcieli zastrzec nazwę Proteus, jednak napotkali sprzeciw pewnej firmy zbrojeniowej, która zgłosiła podobieństwo nazwy do swojego produktu.