Cały obszar Wysp Trzech Króli objęty jest rezerwatem. Do niszczenia roślinności przyczyniały się kozy, jednak w roku 1946 odstrzelono wszystkie sztuki (393).
Flora Jedną z osobliwości Wysp Trzech Króli jest drzewo Pennantia baylisiana, którego jedyny dziko rosnący okaz znajduje się na Great Island. Występuje tu także Cordyline obtecta (jak się okazało rosnące również na wyspie Norfolk). Innymi endemicznymi okrytonasiennymi są Elingamita johnsonii i Tecomanthe speciosa. Do flory tutejszej należą m.in. Disphyma crassifolium, Apium australe, muchotrzew polny (Spergularia rubra), Senecio lautus, Lobelia anceps, Isolepis nodosa. W wyższych częściach wyspy Great Island rośnie leptospermum sztywne (Leptospermum scoparium), Phormium tena i orlica pospolita (Pteridium aquilinum). T.F. Cheeseman do artykułu Notes on the Three Kings Islands dołączył także opisy nowych gatunków, których holotypy na tych wyspach zebrano. Były to Pittosporum fairchildi, Coprosma macrocarpa i Paratrophis smithii;