Okres II wojny światowej W latach okupacji niemieckiej Alfred Meissner mieszkał w Warszawie (ul. Szopena, Ursynowska, Filtrowa, Aleje Ujazdowskie). Pracował w Lecznicy Związkowej „Omega” (Al. Jerozolimskie 51). Założył też, w roku 1940, przychodnię stomatologiczną – miejsce pracy byłego personelu Akademii Stomatologicznej.

Był wielokrotnie namawiany przez Gestapo, żeby ubiegał się o wpisanie na Reichslistę, lecz odmawiał, co sprawiło, że został umieszczony na liście zakładników zagrożonych rozstrzelaniem. Częsta zmiana zamieszkania była ucieczką przed gestapo. Opiekował się byłymi asystentami Żydami (poszukując dla nich miejsc pracy); w swoim majątku Grzegorzewice pod Warszawą ukrywał spadochroniarzy radzieckich.

Był żołnierzem AK. W lipcu 1944 roku, przed wybuchem powstania warszawskiego, został przydzielony do oddziału „Bakcyl” (Sanitariat Okręgu Warszawskiego AK). Wskazanym miejscem koncentracji przed godziną „W” była ul. Jasna 18. Ponieważ nie udało mu się dotrzeć do tego punktu, zorganizował szpital polowy na 200 łóżek przy ul. Hożej 13 (Śródmieście-Południe), który prowadził do końca powstania.