Początkowo malowane były w barwy pomarańczowo-brązowe. Od grudnia 2005 do stycznia 2008 lokomotywy tej serii przemalowywano w czerwono-biało-niebieskie barwy nowego właściciela – PKP Cargo. W połowie czerwca 2007 zaproponowano PKP Cargo nowy schemat malowania. W obliczu przejęcia lokomotyw przez PKP Intercity, projekt przejęła druga spółka i zmodyfikowała go poprzez dodanie niewielkiego loga PKP Intercity na czołach i bokach pudła. Ostatecznie tylko EP09-016 otrzymało zmienione malowanie. Pozostałe malowano według schematu opracowanego dla PKP Cargo. Malowanie takie zostało zastosowane, aby upodobnić je do wagonów w nowym malowaniu PKP Intercity. Po przejęciu od PKP Cargo wszystkich EP09, PKP Intercity wprowadziło nowy, szaro-niebieski schemat malowania. W ramach napraw, wszystkie lokomotywy przemalowywane są na nowe barwy przewoźnika.
W grudniu 2007 EP09 otrzymały świadectwa dopuszczenia do ruchu po torach w Czechach.
Na czas EURO 2012 lokomotywy EU44 Husarz i EP09 ozdobiono kalkomaniami nawiązującymi do mistrzostw. Dziesięć EP09 i kolejne tyle Husarzy zostało oklejone w barwy krajów uczestniczących w mistrzostwach oraz polskich stadionów goszczących mecze EURO.