Oficjalny debiut serii EP09 wyznaczono na 29 maja 1988, kiedy zaczął obowiązywać nowy rozkład jazdy. Dwa tygodnie wcześniej, decyzją Centrum Naukowo-Technicznego Kolejnictwa, lokomotywy zostały dopuszczone do ruchu po Centralnej Magistrali Kolejowej z prędkością 160 km/h. EP09-001 przejęła wtedy od dwóch EP05 obsługę pociągu Krakus. Pierwsze maszyny serii trapiły problemy wieku dziecięcego, np. pękanie wsporników silników, uszkodzenia osprzętu elektrycznego i silników czy usterki zawieszenia. Problemy powodowały częste przestoje – do kwietnia 1990, pierwsza lokomotywa spędziła w naprawie 25% czasu postoju, natomiast dla EP09-002 (typ 104Ea) odsetek ten wyniósł 60%. Konieczność serwisowania, przy jednoczesnym wprowadzaniu poprawek do kolejnych egzemplarzy, powodowała opóźnienia w produkcji i dostaw nowych elektrowozów dla PKPŚwiat kolei 8/2003, s. 18.
Kolejne odmiany EP09 (typ 104Eb) trafiały do służby w PKP sukcesywnie: od końca 1990 do początku 1998Świat kolei 8/2003, s. 19. Po przejęciu Pafawagu przez Adtranz, produkcję lokomotyw zakończono. Opracowywane równolegle ze 104E typy 204E i 205E oraz późniejsza sześcioosiowa (Bo’Bo’Bo’) towarowa lokomotywa górska (typ 206E) oznaczona jako ET24 nie doczekały się nawet prototypów. Zbudowano 47 z planowanych 200 egzemplarzy EP09Świat kolei 8/2003, s.