Ekonomicznych (od 1801)Notizie per l’anno 1802. Roma: 1802..
Przez całe życie zajmował się kolekcjonowaniem rękopisów. Po jego śmierci zbiór rękopisów przeszedł na własność Museum Borgianum, a później został przekazany do Biblioteki Watykańskiej.
Alexander von Humboldt, przeglądając kolekcję kardynała Borgii po śmierci właściciela, odkrył mezoamerykański Kodeks Borgia. Do znanych rękopisów z kolekcji Stefana Borgii należy Codex Borgianus, grecko-koptyjski rękopis Nowego Testamentu oraz Naples, Biblioteca Vittorio Emanuele III, MS I B 18, koptyjski rękopis Starego Testamentu, z ilustracją Hioba i jego trzech córekStefano Borgia w: Catholic Encyclopedia (1913).. Jörgen Zoega sporządził dokładny katalog wszystkich jego koptyjskich rękopisów (wydany w 1810).
Publikacje Monumento di papa Giovanni XVI (Roma, 1750); Breve istoria dell antica città di Benevento (Roma, 1763-69); Vaticana confessio B. Petri chronoligcis testimoniis illustrata (Roma, 1776); De Cruce Vaticanâ (Roma, 1779); De Cruce Veliternâ (Roma, 1780); Istoria del dominio temporale della Sede Apostolica nelle