słów Kurbskiego nie potwierdzają dokumenty, które jednoznacznie wskazują, iż German żył jeszcze w roku następnym. W Żywocie świętego męczennika Filipa, poświęconym postaci metropolity moskiewskiego, zawarto inny opis śmierci Germana: duchowny miał zostać zamordowany toporem przez opricznika za sprzeciwianie się opriczninie razem z metropolitą Filipem. Wersję tę częściowo potwierdzają protokoły z nałożenia relikwiom nowych szat z 1888 oraz z otwarcia relikwiarza w 1919. Opisano w nich, iż głowa Germana została odcięta dwoma uderzeniami. Zawarte w Żywocie... informacje o konflikcie między carem i hierarchami nie zgadzają się natomiast z innymi kronikami, według których metropolita Filip wystąpił z krytyką okrucieństwa Iwana Groźnego dopiero w 1568, gdy German z pewnością już nie żył. Być może German padł zatem ofiarą innego, prywatnego sporu z carem. Żywot świętych biskupów Guriasza i Warsonofiusza podaje jako przyczynę jego zgonu zarazę z 1567. Nowego arcybiskupa kazańskiego wybrano w 1568.
German został pochowany zgodnie z własnym życzeniem w cerkwi św.