W tym czasie na przełomie listopada i grudnia 1944 widywał się z nim w Lublinie jego brat Edmund (w tym czasie kapitan ludowego Wojska Polskiego, wcześniej porucznik Armii Krajowej, powstaniec warszawski).
9 stycznia 1945 roku został aresztowany przez NKWD i oskarżony o uczestnictwo w przygotowaniach do tych zamachów. Po brutalnym śledztwie został 9 kwietnia 1945 roku skazany na karę śmierci wyrokiem Wojskowego Sądu Okręgowego w Lublinie pod przewodnictwem sędziego Konstantego Krukowskiego, działającego w trybie doraźnym (pozbawienie możliwości apelacji i odwołań). Trzy dni później, 12 kwietnia Szczepański został zastrzelony na schodach podziemi zamku lubelskiego. Prawdopodobnie został pochowany we wspólnej mogile na cmentarzu przy ul. Unickiej.
Postanowieniem Izby Karnej Sądu Najwyższego z 11 maja 1990 roku został uniewinniony i zrehabilitowany.
Narzeczoną Mieczysława Szczepańskiego była Szkotka, Irene Henderson (para utrzymywała kontakt od 1941 do 1943 w Glasgow).