Obie zatoki rozdzielone są przesmykiem Cziwyrkujskim, który jest mostem utworzonym z osadów rzek Barguzin i Mały Cziwyrkuj.
Fauna thumb|Mewy tundrowe (Larus vegae) na jeziorze Bajkał w Zatoce Cziwyrkujskiej Wśród ichtiofauny Zatok Cziwyrkujskiej i Barguzińskiej, rzek i jezior Zabajkalskiego Parku Narodowego wymienić można następujące gatunki: omul bajkalski (Coregonus migratorius), sieja pospolita (C. lavaretus), lipień arktyczny (Thymallus arcticus), miętus pospolity (Lota lota), szczupak pospolity (Esox lucius), okoń pospolity (Perca fluviatilis), jelec pospolity (Leuciscus leuciscus, L. idus) i płoć (Rutilus rutilus). Zatoka Cziwyrkujska jest jednym z głównych miejsc jeziora, w których sieja pospolita zbiera się na tarło.
W Zabajkalskim Parku Narodowym odnotowano 291 gatunków kręgowców lądowych, w tym 44 gatunków ssaków, 241 ptaków, trzy gadów i trzy płazów. Najważniejsze z nich to: zając bielak (Lepus timidus), wiewiórka pospolita (Sciurus vulgaris), soból (Martes zibellina), gronostaj (Mustela erminea), chruściki (Trichoptera), piżmowiec syberyjski (Moschus moschiferus), jeleń szlachetny, mandżurski wapiti (Cervus canadensis xanthopygus), łoś (Alces alces) i piżmak (Ondatra zibethicus). Licznie występuje tu niedźwiedź brunatny (Ursus arctos), którego populacja tylko na półwyspie Swiatoj Nos wynosi aż 80 osobników.